آبارا در دنیایی دیستوپیایی با سازه‌های عظیم رخ می‌دهد. داستان حول موجوداتی به نام گاونا می‌چرخد؛ کسانی که می‌توانند با تبدیل‌شدن، استخوان‌های خود را به شکلی زره و سلاح درآورند. این تبدیل از ستون فقرات آغاز می‌شود و سپس زرهی لایه‌لایه شکل می‌گیرد. داستان بر یکی از این گاوناها تمرکز دارد که به نام کودو دنجی شناخته می‌شود، هرچند او در ابتدا از نام جعلی ایتو دنجی استفاده می‌کند.